Legatet er stiftet af de barnløse ægtefæller Peter og Emma Thomsen. Legatets formål er at uddele stipendier til flittige, dygtige, trængende, mandlige studerende ved landets højere læreanstalter.

Peter og Emma Thomsens Legat er en erhvervsdrivende fond, og der kan hvert år ansøges til Legatkontoret med ansøgningsfrist henholdsvis 31. januar og 30. september.